Là một trong những Liên đội còn non trẻ so với các Liên đội khác trên địa bàn thành phố, Liên đội trường Chu Văn An mới đi vào hoạt động từ năm học 2013-2014, khởi đầu với 2 lớp 6, tổng số gần 70 đội viên do cô Nguyễn Thị Thu Hiền làm Tổng phụ trách đội. Những năm đầu mặc dù số lượng đội viên còn ít ỏi nhưng BGH nhà trường rất quan tâm đến các hoạt động phong trào của đội, các em được giáo dục kĩ năng sống, tham gia các hoạt động do đoàn trường tổ chức. Dù chưa có hoạt động đặc trưng riêng nhưng các đội viên vẫn được Nhà trường, Liên chi Đoàn trường Chu Văn An dìu dắt. Sang năm học thứ 2 khối THCS tiếp tục bổ sung thêm 2 lớp 6, Liên đội có khối 6 và khối 7, tổng số hơn 100 đội viên. Đến năm học thứ 3 (2016-2017) Liên đội Chu Văn An đã có các khối 6,7,8 với hơn 200 em, đa số các bạn đội viên đều ngoan ngoãn và tham gia nhiệt tình các phong trào của nhà trường, đội ngũ cán bộ đội đã trưởng thành hơn, được bổ sung thêm những nhân tố mới. Như vậy, trong thời gian qua hoạt động đội của trường Chu Văn An chủ yếu hoạt động chung với khối THPT vì vậy còn nhiều hạn chế. Do vậy khi được tham gia vào các phong trào chung của Hội đồng đội thành phố sẽ tạo điều kiện để các bạn đội viên được giao lưu học hỏi với các trường bạn.